首先要明確的是:小規(guī)模納稅人開具增值稅發(fā)票專用發(fā)票，無(wú)論是自開還是稅務(wù)機(jī)關(guān)代開增值稅專用發(fā)票均要依法申報(bào)繳納增值稅。

一、如果是自開增值稅專用發(fā)票。一般由納稅人按季申報(bào)（按月申報(bào)）繳納增值稅。如果自開專用發(fā)票、自開普通發(fā)票以及未開票收入合計(jì)季度超過(guò)9萬(wàn)元（如果按月申報(bào)超過(guò)3萬(wàn)元），開具普通發(fā)票和未開票部分的收入也要按規(guī)定的征收率申報(bào)繳納增值稅。如果季度合計(jì)未超過(guò)9萬(wàn)元或月度申報(bào)未超過(guò)3萬(wàn)元，則只就開具增值稅專用發(fā)票部分繳納增值稅。

二、如果是稅務(wù)機(jī)關(guān)代開，則在代開時(shí)由稅務(wù)機(jī)關(guān)直接扣繳增值稅及相關(guān)城建稅等附稅費(fèi)。如果自開普通發(fā)票、稅務(wù)機(jī)關(guān)代開專用發(fā)票以及未開票收入合計(jì)季度超過(guò)9萬(wàn)元（如果按月申報(bào)超過(guò)3萬(wàn)元），開具普通發(fā)票和未開票部分的收入也要按規(guī)定的征收率申報(bào)繳納增值稅。如果季度合計(jì)未超過(guò)9萬(wàn)元或月度申報(bào)未超過(guò)3萬(wàn)元，則只就開具增值稅專用發(fā)票部分繳納增值稅及相關(guān)城建稅及附稅費(fèi)。

三、小規(guī)模納稅人不能抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，只能實(shí)行增值稅簡(jiǎn)易征收。

四、如果繳了增值稅，城建稅、教育費(fèi)附加及地方教育費(fèi)附加相應(yīng)也要依法繳納。

特別提醒:小規(guī)模企業(yè)類納稅人不涉及個(gè)人所得稅，如果是自然人則稅務(wù)機(jī)關(guān)代開時(shí)要扣繳個(gè)人所得稅。